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En ce {{XVIIs}}, on procède à l'application systématique de mesures préventives d'isolement et de désinfection instaurées au {{XIVe}} (aération et fumigation des logements), de mesures de limitations de circulations (certificats de santé, patente portuaire, quarantaines) pour limiter la propagation des contagions, d'interdictions d'accès à des ressortissants d'autres régions. Les mesures sont gérées par le bureau de santé municipal qui est, en France, l'organisme sanitaire prédominant. On s'y oppose parfois, comme à Marseille où les intendants de la santé sont mis sous tutelle au prétexte de contrôler une politique financière jugée dispendieuse. L'État intervient aussi directement. En 1681, une ordonnance du 8 août interdit l'entrée dans les ports des vaisseaux d'Espagne, sauf à ce qu'ils fassent des quarantaines. En 1683, un règlement du roi ordonne d'observer les précautions pour que la peste ne s'introduise pas dans le pays. En Espagne, l'État organise dès 1647 l'isolement de provinces entières par des cordons sanitaires. On fait de même pour Paris en 1668 et 1720. Les mesures prises entrainent un recul régulier de la maladie à partir de 1640 et dans les années 1660-1670, qui marqueront la fin du mal à l'état endémique<ref>Henri H. Mollaret, ''Le cas de la peste'', dans ''Annales de démographie historique'', 1989, ''Le déclin de la mortalité'', p. 101-110</ref>{{,}}<ref name="lcoste-1998" />{{,}}<ref>Françoise Hildesheimer, ''La monarchie administrative face à la peste'', dans ''Revue d'histoire moderne et contemporaine'', tome 32, {{n°|2}}, avril-juin 1985, {{p.|302-310}}</ref>.